ट्रिस बफर आमतौर पर इस्तेमाल किया जाने वाला पीएच बफर है जो जैव रसायन प्रयोगों में व्यापक रूप से उपयोग किया जाता है। पीसीआर प्रतिक्रियाओं में, ट्रिस बफर पीएच स्थिरता बनाए रखने के अलावा DNase गतिविधि को रोकता है। इसकी क्रिया का तंत्र मुख्य रूप से निम्नलिखित पहलुओं में प्रकट होता है:
1. DNase की सक्रिय संरचना को बदलें: ट्रिस बफ़र में धनायन DNase की सक्रिय साइट से जुड़ सकता है, इसकी संरचना को बदल सकता है, जिससे इसकी गतिविधि कम हो सकती है। कार्रवाई का यह तरीका पर्यावरण में मौजूद न्यूक्लिअस की गतिविधि को रोकता है, डीएनए टेम्पलेट को क्षरण से बचाता है।
2. प्रतिस्पर्धी निषेध: ट्रिस में धनायन DNase के सक्रिय केंद्र के साथ डीएनए टेम्पलेट से प्रतिस्पर्धात्मक रूप से बंध सकते हैं, जिससे DNase को टेम्पलेट से बंधने से रोका जा सकता है और इसकी गिरावट गतिविधि कम हो सकती है। यह प्रतिस्पर्धी अवरोध प्रतिक्रिया प्रणाली में अशुद्धियों के कारण होने वाली DNase गतिविधि को कम कर सकता है।
3. प्रतिक्रिया तापमान बढ़ाएँ: ट्रिस बफर में उच्च तापमान पर अच्छी स्थिरता होती है, इसलिए यह पीसीआर प्रतिक्रिया का तापमान बढ़ा सकता है। उच्च तापमान DNase की गतिविधि को और बाधित कर सकता है और डीएनए पोलीमरेज़ की प्रवर्धन दक्षता में सुधार कर सकता है। ट्रिस बफर के साथ उच्च तापमान को मिलाकर, DNase के प्रभाव को समाप्त किया जा सकता है और एक शुद्ध पीसीआर उत्पाद प्राप्त किया जा सकता है।
